В 2001 году, как раз с началом своей популярности в Британии, Эйдан женился на старой дублинской знакомой Оливии О’Фланаган, с которой встречался с середины 1990-х. У них родились двое детей — дочь Берри и сын Джо. В 2008 году, когда Гиллен закончил сниматься в «Прослушке», семья перебралась в портовый городок Дингл в графстве Керри. Эйдану нравилось жить «в глухой провинции у моря», где никто не считал его звездой.
Идиллия закончилась в 2014 году — Эйдан и Оливия разъехались, причём развод до сих пор не оформлен. Сейчас Гиллен живёт в Дублине и встречается с певицей Камиллой О’Салливан, довольно известной в Ирландии, — во всяком случае, её страница в Википедии вдвое длиннее, чем у Гиллена. По словам Камиллы, у неё никогда не было телевизора, поэтому, познакомившись с Эйданом, она понятия не имела, что он актёр.
Жизнь после Вестероса
«Игра престолов» открыла Гиллену новые возможности. Так, он — к восторгу своих детей — исполнил небольшую роль в супергеройском боевике Кристофера Нолана «Тёмный рыцарь: Возрождение легенды» (2012). Съёмки заняли всего несколько дней. Гиллен сыграл оперативника ЦРУ, который в самом начале фильма сталкивается с террористом Бэйном — и проигрывает.