Главное — удалось избежать превращения «Готэма» в традиционный полицейский детектив. Нет, текущие расследования Гордона периодически выходят на первый план, но они скорее гарнир, а не основное блюдо. Потому что Джим Гордон всё-таки не единственный центральный герой «Готэма». Возможно, поначалу сериал и планировался именно о нём, но Хеллер со товарищи довольно быстро принялись вводить в сюжет ярких персонажей, которые начали перетягивать зрительское внимание на себя. В результате линия Гордона играет скорее роль катализатора. Отважный детектив, как правило, находится в центре всех значимых событий, но зачастую как пассивный наблюдатель или в силу личных связей с другими героями.
Фактически в «Готэме» четыре основные сюжетные линии. Джим Гордон расследует преступления, набивает шишки, заводит полезные знакомства и делает карьеру. Потерявший родителей Брюс Уэйн пытается узнать, кто стоит за их убийством, а также набирается моральных принципов от дворецкого Альфреда и аморальных знаний от юной Селины Кайл, уличной воровки по прозвищу Кошка. Освальд Кобблпот, он же Пингвин, проходит кровавый путь в преступной иерархии Готэма — от мальчика на побегушках до теневого воротилы. Наконец, отдельная линия, которая переплетается с тремя остальными, посвящена борьбе городских гангстеров за власть: дон Кармайн Фальконе надеется сохранить контроль, дон Сальваторе Марони пытается его перехватить, а хитроумная Фиш Муни плетёт интриги за их спинами, мечтая похоронить всех.